L'ouverture vint du nord, de l'oasis de Yathrib qui allait devenir la ville du prophète : Médine. À La Mecque, la situation est intenable, la décision de l'émigration (hégire) est prise, elle servira de point de départ du calendrier de musulman.
Par petits groupes, poursuivis par les Qoraïchites, après un voyage de sept jours dans un désert de dunes et de pierres, Muhammad et les siens se réfugient à Yathrib ( le 17 septembre 622), appel?e plus tard Médine. C'est un acte politique, la contestation du pouvoir mécquois va conduire à une guerre et à l'organisation sociale de la communauté médinoise.
Médine, cette cité-village, ouverte aux exilés, était décalée par rapport aux routes du grand trafic caravanier. Elle pratiquait à l'instar des autres cités-oasis d'Arabie, une économie de subsistance à partir de ses palmeraies. Elle comptait trois tribus juives et deux tribus arabes païennes en prie à des luttes intestines. c'est à l'issue d'une guerre que Muhammad, porteur de la croyance nouvelle que les siens ont rejetée, arrive à Médine, dans le cadre d'une alliance dûment conclue avec la tribu arabe médinoise à laquelle il se trouvait apparenté par une aïeule paternelle.
La situation économique des émigrés est précaire. Les succès militaires confortent la position du prophète. Mais les défaites remettent son autorité en balance. Les batailles perdues contre les Qoraïchites sont mises au compte de l'insubordination et l'hypocrisie d'alliés trop tièdes. Pour les compenser, Muhammad organise des expéditions contre les Bédouins et contre les tribus juives qui, à sa déception, n'ont pas rejoint l'Islam et dont les biens sont saisis.
La rupture avec les juifs est symbolisée par la décision de ne plus prier en direction de Jérusalem, selon l'usage d'alors, mais désormais tourné vers La Mecque. La solidarité avec les chrétiens ne durera guère plus.